ClementinaXXI admines - admin:compilaciones

abinit

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2026-03-05T19:55:07+00:00

ABINIT ABINIT is a software suite to calculate the optical, mechanical, vibrational, and other observable properties of materials. Starting from the quantum equations of density functional theory, you can build up to advanced applications with perturbation theories based on DFT, and many-body Green's functions (GW and DMFT).

amber

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2026-01-24T14:22:03+00:00

Instalación Amber24 module purge module load intel openmpi4 cmake tar xvfj AmberTools24.tar.bz2 tar xvfj Amber24.tar.bz2 cd amber24_src vi update_amber # reemplazo python por python3, TODO: usar sed ./update_amber --help ./update_amber --check-updates --proxy=$http_proxy # cuidado si ambermd.org está caído ./update_amber --update --proxy=$http_proxy cd build vi run_cmake # edito y cambio a -DCOMPILER=GNU a -DCOMPILER=INTELLLVM https://ambermd.org/InstIntelOneAPI.php y agrego -DMINICONDA_VERS…

elpa

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2025-08-13T19:14:48+00:00

ELPA Descargar un .tar de la web de ELPA. Lo descomprimimos en /data/shared/apps/elpa/version-number. Con este enviroment: Currently Loaded Modules: 1) tbb/2021.10.0 3) oclfpga/2023.2.1 5) intel/2023.2.1 7) ucx/1.15.0 9) openmpi4/4.1.6 2) compiler-rt/2023.2.1 4) compiler/2023.2.1 6) hwloc/2.7.2 8) libfabric/1.19.0 10) mkl/2023.2.0

gadget

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2025-07-16T20:02:37+00:00

Compilar Gadget4 git clone http://gitlab.mpcdf.mpg.de/vrs/gadget4 module purge && ml intel/2023.2.1 openmpi4/4.1.6 fftw/3.3.10 hdf5/1.10.8 cmake/3.24.2 gsl/2.8 cd gadget4 cp Template-Config.sh Config.sh cp Template-Makefile.systype Makefile.systype

gettext

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2025-08-14T14:25:56+00:00

Gettext (0.26) Rational El gettext instalado actualmente carece del binario “autopoint”. Dicho binario es requerido para realizar el “./autogen.sh” en algunos softwares. Objetivo Compilar un gettext en modo usuario (cargado con un modulo desde $HOME/privatemodules) que permita usar el

gmp630

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2026-01-24T16:32:29+00:00

Compilar GMP 6.3.0 wget https://gmplib.org/download/gmp/gmp-6.3.0.tar.xz tar -xvf gmp-6.3.0.tar.xz cd gmp-6.3.0/ ./configure --prefix=/data/shared/apps/gmp/6.3.0 --enable-cxx --build=$(./config.guess) make -j 64 make check make install Notar que `make check` se utiliza para correr la bateria de tests.

gromacs

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2025-12-26T19:46:09+00:00

Compilar Gromacs Compilación con soporte para multi GPU (SYCL + intel MPI). Corresponde al módulo gromacs/2023.3-impi wget https://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2023.3.tar.gz tar -xzvf gromacs-2023.3.tar.gz cd gromacs-2023.3 mkdir build cd build ml purge && ml intel/2023.2.1 mpi/2021.13 cmake git cmake .. \ -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \ -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON \ -DCMAKE_C_COMPILER=mpiicx \ -DCMAKE_CXX_COMPILER=mpiicpx \ -DGMX_GPU=SYCL \ -DGMX_FFT_LIBRARY=mkl \ -DGMX_GPU_N…

gsl

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2025-07-16T20:10:18+00:00

Compilar Gsl 2.8 wget ftp://ftp.gnu.org/gnu/gsl/gsl-2.8.tar.gz tar -xzvf gsl-2.8.tar.gz cd gsl-2.8 ml purge && ml intel/2023.2.1 ./configure --prefix=/home/flezcano/apps/gsl/2.8 make make check make install

hdf5

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2026-02-11T19:23:49+00:00

HDF5 Distintas suites de simulación requieren versiones levemente distintas de HDF5. En algunos casos, es conveniente compilar la biblioteca dentro del root de la toolchain. Por ejemplo, VASP y ABINIT requieren distintas flags de compilación de HDF5 para funcionar, entonces tendría sentido estructurar estar herramientas de la siguiente forma:

lammps

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2026-03-02T13:13:11+00:00

LAMMPS La compilación de LAMMPS para GPU tiene dos opciones: (con backend OpenCL) por ahora me estoy concentrando en la primera porque la segunda parece ser más difícil. En teoría, para spack sería lammps+gpu +opencl %oneapi ^intel-oneapi-mkl

libxc

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2026-02-12T17:50:08+00:00

Compilación LibXC 6.2.2 La siguiente compilacion utiliza autotools y el compilador de Intel oneAPI. Desde dentro de un nodo de computo cargamos los modulos necesarios: module purge module load autotools intel Luego, corremos autoreconf para generar archivos de configuracion, y procedemos a configurar el entorno:

monofonic

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2025-07-16T19:29:19+00:00

Compilar Monofonic Dentro de un nodo, contando con acceso a internet: git clone https://github.com/wullm/monofonic.git mkdir monofonic/build cd build module purge && ml intel/2023.2.1 openmpi4/4.1.6 hdf5/1.10.8 cmake/3.24.2 gsl/2.8 fftw/3.3.9 FFTW3_ROOT=/data/shared/apps/fftw/3.3.9 GSL_ROOT=/opt/ohpc/pub/apps/gsl/2.8 ccmake ..

namd

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2026-01-24T14:42:53+00:00

NAMD Versión Multicore ml intel openmpi5 dpl wget https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/alpha/2.15_intelgpu/download/NAMD_2.15alpha3_Source.tar.gz tar xzf NAMD_2.15alpha3_Source.tar.gz cd namd wget http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/libraries/tcl8.5.9-linux-x86_64-threaded.tar.gz tar xzf tcl8.5.9-linux-x86_64-threaded.tar.gz ln -s tcl8.5.9-linux-x86_64-threaded tcl wget http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/libraries/fftw-linux-x86_64.tar.gz tar xzf fftw-linux-x86_64.tar.gz ln -s linux-x8…

numa

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2025-07-16T20:07:04+00:00

Compilar Numa 2.0.19 git clone https://github.com/numactl/numactl.git git checkout v2.0.19 module purge && ml intel/2023.2.1 autotools ./autogen.sh ./configure --prefix=/data/shared/apps/numactl/2.0.19 make -j 32 make install

openfoam11

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2026-01-21T19:21:51+00:00

Compilar OpenFOAM 11 ml git mkdir OpenFOAM cd OpenFOAM git clone https://github.com/OpenFOAM/OpenFOAM-11.git git clone https://github.com/OpenFOAM/ThirdParty-11.git cd OpenFOAM-11 ml purge && ml gnu13/13.2.0 openmpi5/5.0.3 metis/5.1.0 source etc/bashrc export CPATH=/opt/ohpc/pub/libs/gnu13/metis/5.1.0/include:$CPATH ./Allwmake -j 64

quantum-espresso

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2025-10-30T19:08:34+00:00

Compilación de Quantum-Espresso con Thermo_pw En un nodo con acceso a internet descargar el archivo .tar.gz Quantum Espresso # Para tener internet export http_proxy=172.28.3.3:3128 export https_proxy=172.28.3.3:3128 curl -LO https://www.quantum-espresso.org/rdm-download/488/v7-3-1/63f8df816254ce40e20530836a37d4f3/qe-7.3.1-ReleasePack.tar.gz tar -xzvf qe-7.3.1-ReleasePack.tar.gz cd qe-7.3.1

swift

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2025-07-16T19:32:51+00:00

Compilar Swift git clone https://github.com/SWIFTSIM/SWIFT.git cd SWIFT git checkout v2025.01 mkdir -p /data/shared/apps/swift/v2025.01 module purge && ml intel/2023.2.1 openmpi4/4.1.6 fftw/3.3.9 hdf5/1.10.8 gsl/2.8 metis/5.1.0 numactl/2.0.19 autotools ./autogen.sh ./configure --prefix=/data/shared/apps/swift/v2025.01 --with-fftw=/data/shared/apps/fftw/3.3.9 --with-metis=/opt/ohpc/pub/libs/intel/metis/5.1.0 --with-gsl=/opt/ohpc/pub/apps/gsl/2.8 --enable-fof --with-numa=/data/shared/apps/numa…

vasp

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2025-07-16T20:17:23+00:00

Receta de compilación de VASP Disclaimer: Es necesario tener una licencia de VASP para poder acceder a los archivos fuentes. Dependencias Intel OneAPI Viene incluído en el cluster. Se accede mediante el módulo intel. La versión default es la

wannier90

Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) — 2026-02-12T19:53:19+00:00

Compilación de Wannier90 para VASP En la toolchain de VASP la versión wannier90-3.1.0 está verificada. curl -LO https://github.com/wannier-developers/wannier90/archive/v3.1.0.tar.gz tar xvf v3.1.0.tar.gz cd wannier90-3.1.0 OpenMPI4 Guardar el siguiente archivo de configuración como