User Tools

Site Tools


admin:compilaciones:hdf5

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

admin:compilaciones:hdf5 [2025/07/26 00:18] – created bbruzzoadmin:compilaciones:hdf5 [2026/02/11 19:23] (current) bbruzzo
Line 1: Line 1:
-====== Compilando HDF5 para VASP ======+====== HDF5 ======
  
 +Distintas suites de simulación requieren versiones levemente distintas de HDF5. En algunos casos, es conveniente 
 +compilar la biblioteca dentro del root de la toolchain.
  
-La versión verificada en la VASP Toolchain es la 1.14.6.+Por ejemplo, [[vasp|VASP]] y [[abinit|ABINIT]] requieren distintas flags de compilación de HDF5 para funcionar, entonces tendría sentido  
 +estructurar estar herramientas de la siguiente forma:
  
-===== OpenMPI4 =====+<code>/data/shared/apps/vasp/libs/hdf5 
 +/data/shared/apps/abinit/libs/hdf5 
 +</code>
  
 +y luego mediante LMOD appendear a LD_LIBRARY_PATH los directorios respectivos a cada tool.
 +
 +===== VASP =====
 +
 +
 +La versión verificada en la VASP Toolchain es la 1.14.6.
 +
 +=== OpenMPI4 ===
  
 <code>module load intel openmpi4 <code>module load intel openmpi4
Line 25: Line 38:
 </code> </code>
  
 +===== ABINIT =====
 +
 +Descargamos la misma versión que para vasp pero usamos otras flags de configuración.
 +
 +<code>
 +module purge
 +module load intel openmpi5
 +
 +curl -LO https://github.com/HDFGroup/hdf5/releases/download/hdf5_1.14.6/hdf5-1.14.6.tar.gz
 +tar -zxvf hdf5-1.14.6.tar.gz
 +mv hdf5-1.14.6 1.14.6
 +
 +./configure --prefix=/data/shared/apps/abinit/10.6.3/libs  \
 +           CC=mpicc --enable-parallel --enable-shared
 +           
 +</code>
 +
 +Al finalizar el configure deberíamos obtener el siguiente output:
 +
 +<code>
 +        SUMMARY OF THE HDF5 CONFIGURATION
 +        =================================
 +
 +General Information:
 +-------------------
 +                   HDF5 Version: 1.14.6
 +                  Configured on: Wed Feb 11 16:04:18 -03 2026
 +                  Configured by: bbruzzo@snmgt01
 +                    Host system: x86_64-pc-linux-gnu
 +              Uname information: Linux snmgt01 5.14.0-427.13.1.el9_4.x86_64 #1 SMP PREEMPT_DYNAMIC Wed Apr 10 10:29:16 EDT 2024 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
 +                       Byte sex: little-endian
 +             Installation point: /data/shared/apps/abinit/10.6.3/libs
 +
 +Compiling Options:
 +------------------
 +                     Build Mode: production
 +              Debugging Symbols: no
 +                        Asserts: no
 +                      Profiling: no
 +             Optimization Level: high
 +
 +Linking Options:
 +----------------
 +                      Libraries: static, shared
 +  Statically Linked Executables: 
 +                        LDFLAGS: 
 +                     H5_LDFLAGS: 
 +                     AM_LDFLAGS: 
 +                Extra libraries: -lz -ldl -lm 
 +                       Archiver: ar
 +                       AR_FLAGS: cr
 +                         Ranlib: ranlib
 +
 +Languages:
 +----------
 +                              C: yes
 +                     C Compiler: /opt/ohpc/pub/mpi/openmpi5-intel/5.0.3/bin/mpicc
 +                       CPPFLAGS: 
 +                    H5_CPPFLAGS: -D_GNU_SOURCE -D_POSIX_C_SOURCE=200809L   -DNDEBUG -UH5_DEBUG_API -I/data/shared/apps/abinit/10.6.3/hdf5/1.14.6/src/H5FDsubfiling
 +                    AM_CPPFLAGS: 
 +                        C Flags: 
 +                     H5 C Flags:   -std=c99 -Wall   -Wl,-s   -O3
 +                     AM C Flags: 
 +               Shared C Library: yes
 +               Static C Library: yes
 +
 +
 +                        Fortran: no
 +
 +                            C++: no
 +
 +                           Java: no
 +
 +
 +Features:
 +---------
 +                     Parallel HDF5: yes
 +  Parallel Filtered Dataset Writes: yes
 +                Large Parallel I/O: yes
 +                High-level library: yes
 +Dimension scales w/ new references: no
 +                  Build HDF5 Tests: yes
 +                  Build HDF5 Tools: yes
 +                   Build GIF Tools: no
 +                      Threadsafety: no
 +               Default API mapping: v114
 +    With deprecated public symbols: yes
 +            I/O filters (external): deflate(zlib)
 +                  _Float16 support: no
 +                     Map (H5M) API: no
 +                        Direct VFD: no
 +                        Mirror VFD: no
 +                     Subfiling VFD: no
 +                (Read-Only) S3 VFD: no
 +              (Read-Only) HDFS VFD: no
 +    Packages w/ extra debug output: none
 +                       API tracing: no
 +              Using memory checker: no
 +                  Use file locking: best-effort
 +         Strict file format checks: no
 +      Optimization instrumentation: no
 +</code>
 +
 +Procedemos a compilar:
 +
 +<code>
 +make -j4
 +make check
 +make install
 +</code>
admin/compilaciones/hdf5.1753489091.txt.gz · Last modified: by bbruzzo