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--- admin:compilaciones:amber [2025/08/29 13:41] – [Amber20 - SYCL] joaquintorres
+++ admin:compilaciones:amber [2026/01/24 14:22] (current) – joaquintorres
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 vi run_cmake # edito y cambio a -DCOMPILER=GNU a -DCOMPILER=INTELLLVM  https://ambermd.org/InstIntelOneAPI.php y agrego -DMINICONDA_VERSION=py312_25.5.1-1
 ./run_cmake
+make install
 source /data/shared/apps/amber/24/amber24/amber.sh
 cd $AMBERHOME
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 </code>
-Me hinché y repetí los pasos con GNU / gnu12, funciona mejor que con Intel 2023.
+Me hinché y repetí los pasos con gnu13 openmpi5, funciona mejor que con Intel 2023.
+Es **clave** correr make install en lugar de make -j o make, aparentemente evita problemas de paralelización.
 ==== Problemas ====
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 tar xvf Amber20_SYCL_patch_2024-02-05.tar.bz2
 cd build
-ml intel/2024.2.1 openmpi4 cmake
+ml intel/2024.2.1 mkl/2024.2 mpi cmake dpct/2024.2.0
 ./run_cmake
 make install
 </code>
+Si falla por flags de C++17, hay que editar los archivos
+  * src/pmemd/src/CMakeFiles/pmemd_obj_sycl.dir/flags.make
+  * src/pmemd/src/CMakeFiles/pmemd_obj_sycl_mpi.dir/flags.make
+  * src/pmemd/src/CMakeFiles/pmemd.dir/flags.make
+  * src/pmemd/src/CMakeFiles/pmemd.MPI.dir/flags.make
+<code>
+CXX_FLAGS =  -O0 -fsycl -std=c++17 -O0 -fsycl -std=c++17 -std=gnu++11
+</code>
+por
+<code>
+CXX_FLAGS =  -O0 -fsycl -std=c++17 -O0 -fsycl -std=c++17
+</code>
+Adicionalmente, es necesario cambiar extern size_t read y extern size_t write por ssize_t en ambos casos, para los headers nuevos de C++ (post upgrade). El mismo error indica dónde.
+Por último, OneAPI toma la libstdc++ del sistema por dynamic linking. Como GCC11 soporta hasta GLIBCXX3.24.29 y este usa features de GLIBCXX3.24.32, es necesario agregar /opt/ohpc/pub/compiler/gcc/13.2.0/lib64/ al LD_LIBRARY_PATH.