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--- admin:compilaciones:amber [2025/08/27 14:32] – [Amber20 - SYCL] joaquintorres
+++ admin:compilaciones:amber [2025/09/05 20:38] (current) – [Amber20 - SYCL] joaquintorres
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 vi run_cmake # edito y cambio a -DCOMPILER=GNU a -DCOMPILER=INTELLLVM  https://ambermd.org/InstIntelOneAPI.php y agrego -DMINICONDA_VERSION=py312_25.5.1-1
 ./run_cmake
+make install
+source /data/shared/apps/amber/24/amber24/amber.sh
+cd $AMBERHOME
+make test.serial
+cd ../amber24_src/build/
+vim run_cmake # MPI = TRUE
 </code>
 Me hinché y repetí los pasos con GNU / gnu12, funciona mejor que con Intel 2023.
+Es **clave** correr make install en lugar de make -j o make, aparentemente evita problemas de paralelización.
 ==== Problemas ====
@@ Line 39: / Line 48: @@
 ./run_cmake
 </code>
+Si MPI no es reconocido, hay que meter un module purge y cargar de nuevo los módulos.
 ===== Amber20 - SYCL =====
 Hay una versión experimental para SYCL documentada en https://ambermd.org/GPUSupport.php El link al patch está en esta misma página.
@@ Line 49: / Line 58: @@
 tar xvf Amber20_SYCL_patch_2024-02-05.tar.bz2
 cd build
-ml intel/2024.2.1 openmpi4 cmake
+ml intel/2024.2.1 mkl/2024.2 mpi cmake dpct/2024.2.0
 ./run_cmake
-make -j 64
+make install
 </code>
+Si falla por flags de C++17, hay que editar los archivos
+  * src/pmemd/src/CMakeFiles/pmemd_obj_sycl.dir/flags.make
+  * src/pmemd/src/CMakeFiles/pmemd_obj_sycl_mpi.dir/flags.make
+  * src/pmemd/src/CMakeFiles/pmemd.dir/flags.make
+  * src/pmemd/src/CMakeFiles/pmemd.MPI.dir/flags.make
+<code>
+CXX_FLAGS =  -O0 -fsycl -std=c++17 -O0 -fsycl -std=c++17 -std=gnu++11
+</code>
+por
+<code>
+CXX_FLAGS =  -O0 -fsycl -std=c++17 -O0 -fsycl -std=c++17
+</code>